Zálohování celého OS je vhodnou alternativou ke klonování disků v případě,
kdy chcete chránit svá data před selháním hardwaru, ransomwarem atd. 
Zálohování lze provést buď pomocí softwaru třetích stran, nebo standardního nástroje Windows. Klonování disku umožní kopírovat veškerá data ze zdrojového disku na disk cílový, a to včetně funkčního operačního systému, instalovaných aplikací, nastavení a veškerých dat.

Podobným postupem je také takzvaná migrace operačního systému. Migrace systému Windows je jeho přenos na jiný, odlišný od původního SSD, HDD nebo kteréhokoli jiného paměťového média připojeného k PC nebo notebooku. Jedná se o klonování struktury všech systémových oddílů a jejich obsahu. Migrace zbavuje potřeby přeinstalovat a znovu konfigurovat Windows při nákupu nového SSD nebo HDD. Tento postup zajišťuje přenos operačního systému na nové médium se všemi jeho profily, nastavením, softwarem a daty uloženými na původní jednotce C.

Jediná věc, kterou je nutné vzít v úvahu, je, že od Windows 8/8.1/10 jsou všechny licenční klíče Windows uloženy v systému BIOS základní desky PC/NB. Při migraci operačního systému je třeba se ujistit, že máte licenční klíč, který je přiřazen k základní desce. Nové základní desky pro stolní počítače obecně nemají licenční klíče. Licenční klíč Windows 7, který nebyl nikdy použit k upgradu na Windows 10, lze také použít k aktivaci Windows na novém hardwaru po migraci OS.